深層土: 用于探索深度排序數據的工具?

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Deeptools是一個 python工具套件 特別為高效分析高通量測序數據而開發,例如chip-seq、rna-seq或mnase-seq。

使用deeptools有三種方法:

  • 銀河系使用 --我們的公眾 deepTools Galaxy server 讓我們在熟悉的Galaxy框架中使用deeptools,而不需要掌握命令行

  • 命令行用法 --只需下載并安裝工具(請參見 安裝工具

  • API --在自己的python程序中使用您最喜歡的deeptools模塊(請參見 Deeptools原料藥

下面的流程圖描述了當前可用的不同工具模塊。

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如果圖中的文件名對您沒有任何意義,請確保檢查我們的 NGS術語表 .

內容:?

在開發Deeptools的同時,我們不斷努力創建符合以下標準的軟件:

  • 有效地從BAM文件中提取讀取內容 對它們進行各種計算

  • 將對齊讀取的BAM文件轉換為bigwig文件 使用不同的規范化策略

  • 利用 多處理器 (速度!)

  • 生成 高度可定制的圖像 (更改顏色、尺寸、標簽、文件格式等)

  • 使可能 customized down-stream analyses ,這意味著用戶可以存儲創建的每個數據集

  • 模塊化方法 -兼容性、靈活性、可擴展性(即我們可以添加越來越多的模塊并使用現有的方法)

小技巧

有關支持、問題或功能請求,請聯系:deeptools@googlegroups.com

請引證Deeptools2如下:

Ram_rez、Fidel、Devon P.Ryan、Bj_rn Gr_ning、Vivek Bhardwaj、Fabian Kilpert、Andreas S.Richter、Steffen Heyne、Friederike D_ndar和Thomas Manke。 "deepTools2: a next generation web server for deep-sequencing data analysis." Nucleic Acids Research (2016): gkw257.

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This tool suite is developed by the Bioinformatics Facility at the Max Planck Institute for Immunobiology and Epigenetics, Freiburg.

deepTools Galaxy <http://deeptools.ie-freiburg.mpg.de> _.

code @ github <https://github.com/deeptools/deepTools/> _.